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Source majeure de morbidité et de mortalité précoce dans les pays en développement, la malnutrition a des effets néfastes chez les enfants. Malgré les efforts consentis dans le domaine de la médecine, la situation sanitaire des enfants de moins de cinq ans demeure une préoccupation au Bénin. Cette étude apporte une contribution à une meilleure connaissance des facteurs qui influencent la malnutrition des enfants afin d'orienter adéquatement les programmes de santé. Les résultats révèlent que ce fléau touche plus les enfants dont les mères résident en milieu rural, des départements de l'Alibori et du Borgou, n'ayant aucun niveau d'instruction et sont des agricultrices. Par ailleurs, le milieu de résidence, l'âge de l'enfant, son sexe, le niveau de vie du ménage, le niveau d'instruction de la mère, l'intervalle intergénésique, sont les variables qui expliquent le plus la malnutrition des enfants au plan national. Elles le sont également en milieu urbain, mais à des degrés différents. Les pouvoirs publics devraient entre autres, prioriser les régions de l'Alibori et du Borgou dans les interventions visant à améliorer la santé des enfants.