Overview

Il ruolo del papilloma virus umano (HPV) come potenziale fattore eziologico nel carcinoma orale (OC) è stato dibattuto negli ultimi tre decenni. La patogenesi dell'HPV nel cancro della cervice è ben definita e l'Agenzia Internazionale per la Ricerca sul Cancro ha accettato il ruolo dell'HPV in diversi tumori della testa e del collo. Tuttavia, le prove di un legame definitivo tra HPV e OC rimangono controverse. La genotipizzazione basata sulle sequenze (SBG) offre agli utenti diversi vantaggi, tra cui un metodo generico di preparazione dei campioni, una strategia di flusso di lavoro bioinformatico uniforme per raggiungere obiettivi di genotipizzazione personalizzati per le singole specie, indipendentemente dalla disponibilità di una sequenza di riferimento; la caratteristica più distintiva è la capacità di genotipizzare qualsiasi struttura di popolazione, indipendentemente dall'inclusione di dati parentali, e la capacità di assegnare un punteggio co-dominante ai marcatori di polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) che segregano nelle popolazioni.