Overview

В этой работе стабильность гомотримерного пептида T3-785, репрезентативной модели человеческого коллагена, была описана в энергетических терминах с помощью метода молекулярного фракционирования с сопряженными колпачками (MFCC) и в рамках теории функционала плотности (DFT). Удалось предсказать индивидуальную значимость аминокислот Pro, Hyp, Gly, Ile, Thr, Gly, Ala, Arg, Gly, Leu и Ala, последующее значение триад Pro-Hyp-Gly, Ile-Thr-Gly, Ala-Arg-Gly и Leu-Ala-Gly, и, наконец, влияние N-концевой, центральной и C-концевой зон каждой цепи на поддержание целостности тройной спирали коллагена. Чтобы сделать это возможным, были рассчитаны силы притяжения и отталкивания 90 остатков, составляющих систему. Каждый из этих остатков имел энергию взаимодействия, которая менялась в зависимости от химической природы его боковой цепи, окружающей его микросольватационной среды и межмолекулярных контактов, которые он устанавливал. Новаторское исследование конформационной стабильности свободной области иминокислот с энергетической точки зрения будет способствовать исследованиям,