Ekologia mikroorganizmów bada, w jaki sposób mikroorganizmy oddzialują na siebie nawzajem i na swoje środowisko. Koncentruje się na spolecznościach drobnoustrojów w różnych siedliskach, od gleby i wody po ludzkie cialo i ekstremalne środowiska. Kluczowe obszary obejmują obieg skladników odżywczych, relacje symbiotyczne i ich rolę w cyklach biogeochemicznych. Zrozumienie ekologii drobnoustrojów pomaga w zarządzaniu ekosystemami, bioremediacji i przewidywaniu reakcji na zmiany środowiskowe, takie jak zmiany klimatu i zanieczyszczenie.